LTKarališkasis Merkinės dvaras formavosi pilies ir šalia buvusio papilio vietoje, tačiau sunku visiškai tiksliai pasakyti, kada pilis prarado gynybinę reikšmę ir virto dvaru, ar papilyje buvo pastatyti pirmieji dvaro pastatai. Po 1403 m. kryžiuočių antpuolio pilis Merkinėje buvo atstatyta. Istorijos šaltiniai aiškiai rodo, kad didysis kunigaikštis Vytautas (taip pat Jogaila) po Žalgirio mūšio 1410 m. intensyviai ruošėsi naujam karui su Ordinu: statė naujas, remontavo senas pilis, telkė karius ir reikalavo laikyti paruoštus geriausius žirgus bei ginklus. Tai ypač pasakytina apie 1412-1419 m. laikotarpį. Įtampa atslūgo tik po jungtinės lietuvių bei lenkų kariuo menės žygio Pavyslį 1422 m. ir netrukus su Ordinu pasirašytos Melno taikos (plačiau žr. Batūra, 2001, 107-110). [...] Taigi po 1403 m. atstatytai Merkinės piliai, be jokios abejonės, dar buvo teikiama gynybinė reikšmė. [...] Tai, jog XV a. pirmojoje pusėje pilyje yra raktininkas (asmuo, atsakingas už valstybinį ūkį), byloja, jog Merkinės pilies ir papilio kompleksas tuo metu iš administracinio ir gynybinio centro jau virto administraciniu ir ūkiniu centru. [...] Užfiksuoti dažni Aleksandro apsilankymai Merkinėje 1494-1503 m. taip pat netiesiogiai rodo, jog tuo metu Merkinėje veikiausiai jau buvo valdovo viešėjimui pritaikyta dvaro sodyba. [Iš teksto, p. 145-147].