LTRabi Elijahu pasaulėžiūroje glaudžiai persipina ir viena kitą sąlygoja gamtamokslinės ir filosofinės žinios, kosmologija ir eschatologija. Jis dažnai kalbėdavo, kad be istorijos ir kalbotyros, astronomijos ir mechanikos, zoologijos ir botanikos išmanymo neįmanoma gerai suprasti, kas pasakyta Babilonijos ir Jeruzalės Talmuduose. Istoriškai Vilniaus išminčiaus domėjimasis gamtos mokslais parengė dirvą Haskalos idėjoms plisti tarp Lietuvos ir Baltarusijos žydų. Neatsitiktinai Vilnius XIX a. viduryje tapo šito sąjūdžio centru. Nors subjektyviai Gaonas, be abejo, buvo principingas Apšvietos priešininkas, manydamas, jog ji tiesiogiai skatina atsimetimą nuo judaizmo. Tas jo baiminimasis turėjo rimtą istorinį pagrindą: pirma, XIV ir XV a. daugelis apsišvietusių Ispanijos žydų apsikrikštijo; antra, po Mozės Mendelsono - Vokietijos žydų Apšvietos sąjūdžio ideologo - mirties visi jo vaikai apsikrikštijo, o XIX a. pradžioje ir tarp Vokietijos žydų paplito krikšto maras [p. 68].