LTPrasidėjus karui, į Lietuvą plūstelėjo pabėgėlių iš Lenkijos banga. Susiklostė unikali situacija, kai žmonės, nemėgę kaimynų, bėgo pas juos, gelbėdami savo gyvybes. Lenkų ir lietuvių nesutarimai paaštrėjo 1941 m., Vermachtui įžengus į Lietuvos teritoriją. Šovinistines nuotaikas ypatingai demonstravo radikalūs lenkų nacionalistai, aktyviai veikę atskirose vokiečių institucijose Vilniuje ir įsteigę vadinamąsias vietos savivaldos organizacijas bei pagalbinę policiją įvairiose Vilniaus regiono vietovėse. Lietuvių ir lenkų nesutarimai ilgą laiką nekėlė jokių rūpesčių. Tačiau konfliktas neišvengiamai turėjo kilti. Vokiečiams paėmus valdžią į savo rankas, bandyta pasinaudoti lietuvių ir lenkų nesutarimais. 1942 m. siekiant supriešinti lietuvius su lenkais, pareikalauta iškeldinti iš Rytų Lietuvos vadinamuosius statistinius lenkų tautybės asmenis. Lietuviai pareigūnai turėjo patvirtinti iškeldinimo dokumentus savo parašais, o lietuviai policininkai – tiesiogiai vykdyti iškeldinimo procedūras. Vokiečių administracija rėmė bei apginklavo lenkų partizanus, kurie terorizavo Švenčionių rajoną, žudė lietuvius ir puldinėjo Lietuvos policiją.Lietuvos saugumo tarnyba turėjo net nuotraukas, kuriose vokiečių policijos pareigūnai apginkluoja Krašto Armijos (Armia Krajowa) būrius Šalčininkų rajone. Lietuvių ir lenkų priešiškumas sumažėjo tik karo pabaigoje. Daugelyje vietų, ypatingai Vilniaus rajone, tarpininkaujant vokiečių pareigūnams lenkų partizanai bei Lietuvos policija susitarė nepulti vieniems kitų ir drauge kovoti su bolševikų partizanų gaujomis. 1943 m. Krašto armijos vadovai linko kartu su Raudonąja armija kovoti prieš vokiečių vermachtą, tuo tarpu Lietuvos pasipriešinimo judėjimas neatmetė galimybės kovoti prieš Raudonosios armijos invaziją, jei Vokietijos politinė vadovybė pripažins Lietuvos žmonių teisę atkurti savo valstybę ir kariuomenę. Vis dėlto 1942-1944 m. pogrindiniai lietuvių ir lenkų pasipriešinimo judėjimai slaptuose susitikimuose stengėsi švelninti priešpriešą ir ieškoti kompromisų.
ENWhen the war broke out, refugees from Poland flooded Lithuania. This is probably a unique case when people who despised others fled to them in order to save their own lives. Confrontation between Lithuanians and Poles started growing in 1941, when Wehrmacht entered the territory of Lithuania. Chauvinistic sentiments were particularly marked by reactionary Polish nationalists, who acted fairly widely in individual German institutions in Vilnius and established the so-called local self-governing bodies in individual areas of Vilnius Region, the Polish auxiliary police was set up. Lithuanian and Polish contradictions for a long time did not result in any major confrontation. However, a conflict was inevitably coming to a head. As soon as Germans took power into their hands they tried to exploit contradictions between Lithuanians and Poles. In 1942, an effort was made to foster hostility between Lithuanians and Poles by evicting from Eastern Lithuania the so-called statistical Poles. Lithuanian officers were to confirm the eviction with their signatures and Lithuanian policemen were to conduct eviction. The German administration supported and well armed the Polish guerrillas who raged in areas of the Švenčionys County, terrorizing and killing Lithuanians and attacking the Lithuanian police.The Lithuanian security service even had photographs showing how German Police officers armed Armia Krajowa (AK) squads in the Šalčininkiai District. The animosity between the Lithuanians and Poles somewhat decreased only when the war was coming to an end. In many places and Vilnius District on particular an agreement mediated by German officers was reached between the Polish guerrillas and the Lithuanian police not to attack each other and to fight together against Bolshevik guerrilla gangs. In 1943, A K leadership tended Jointly with the Red Army to fight against the German Wehrmacht, whereas the Lithuanian Resistance movement did not reject the possibility of defending against the invasion by the Red Army together with the German army if the German political leadership recognized the right of the Lithuanian people to restore their state and army. Nevertheless in 1942-1944 the Lithuanian and Polish underground Resistance movements in numerous secret discussions tried to mitigate the mutual hatred and to look for compromises.