LTJau 1940 m. rudenį Baisogaloje ėmė kurtis slapta antisovietinė organizacija, kurios tikslas buvo kovoti dėl Lietuvos nepriklausomybės. Šiai organizacijai priklausė keliolika narių, vadovavo agronomas Antanas Butkus. Prasidėjus karui jos nariai pradėjo ginkluotą kovą su besitraukiančiais raudonarmiečiais ir sovietinio režimo pareigūnais bei šalininkais. Iš viso Baisogalos partizanų būrys suėmė apie 100 buvusių komunistų, komjaunuolių, sovietinių aktyvistų ir žydų. Dauguma suimtųjų po tardymų ir trumpalaikio kalinimo buvo paleisti į laisvę arba vėliau išvežti darbams į Vokietiją. Keletas suimtųjų buvo sušaudyti Baisogalos partizanų arba išvežti į kitus miestus ir ten sušaudyti. Buvo sudaryti nauji valdžios organai. Valsčiaus viršaičiu vėl tapo A. Jucys (šias pareigas ėjo per visą vokiečių okupacijos metą), valsčiaus sekretoriumi - V. Mintautas, valsčiaus policijos viršininku - Juozas Švėgžda. Karo pradžioje atsikūrę vietiniai valdžios organai bandė likviduoti sovietų valdžios įvykdytų reformų padarinius ir atstatyti tokią padėtį, kokia buvo nepriklausomos Lietuvos laikais. Baisogalos policininkai ir baltaraiščiai rugpjūčio mėnesį į Krakes išvežė apie 20 žydų šeimų (iki 100 žmonių) iš Baisogalos miestelio ir stoties. Visi jie buvo sušaudyti 1941 m. rugsėjo 2 d. Peštinukių kaime (apie 1,5 km nuo Krakių) kartu su kitų valsčių žydais. Kaip ir visoje Lietuvoje, naciams nepavyko surinkti Baisogalos valsčiuje reikalaujamų žmonių kontingentų darbams Vokietijoje ir tarnybai kariniuose daliniuose, dauguma jaunuolių boikotavo okupantų skelbiamą mobilizaciją.
ENIn the autumn of 1940 a secret Anti-Soviet organization has been established in Baisiogala, the goal of which was to fight for the independence of Lithuania. This organization involved several members and was supervised by the agronomist A. Butkus. When the war started, its members began an armed fight with outgoing Red Army men and officials of the Soviet regime as well as with their supporters. All in all the partisan team of Baisiogala arrested about 100 former communists, members of the Young Communist League, Soviet activists and Hebrews. After the inquisition and the short-term close confinement most of the arrested were released or later brought away for the work to Germany. A few of the arrested were shot to death by partisans of Baisiogala or brought away to other cities and shot to death therein. The new governmental organs were established. A. Jucys once again became the Chief of the volost (he occupied this position during the whole German occupation), V. Mintautas was the Secretary, Juozas Švėgžda was the Police Commander. At the beginning of the war the regenerative local governmental organs tried to eliminate the consequences of the reforms implemented by the Soviet government and to restore the situation, which dominated in the time of the independent Lithuania. Police officers and the white banded of Baisiogala in August took away about 20 Jewish families (approximately 100 persons) to Krakės from Baisiogala. All these people were shot to death on 2 September 1941 in Peštinukės village together with other Jews. Nazi could not collect the required contingent of persons for works in Germany and for the service in the military units from the volost of Baisiogala. Most of the young persons boycotted the mobilization announced by the occupants.