LT1744 m. Vilniaus vyskupijos sinodo išspausdintuose nutarimuose Kupiškio dekanate nurodyta ir Kvetkų bažnyčia, Panemunio filija. Kada ta bažnyčia pastatyta, duomenų nepavyko rasti. 1818 m. Kvetkų bažnyčios vizitacijoje rašoma, kad dvarininkai Komarovskiai 1762 m. Kvetkuose, netoli bažnyčios, pastatė nedidelį namelį ir jame įkurdino vienuolių atgailos regulinių kanauninkų, arba baltųjų augustinų, rezidenciją. Tą datą nurodo ir kun. Janas Kurčevskis. 1781 m. bažnyčios inventoriuje pažymėta, kad seniausi metrikai pradėti rašyti 1769 m. birželį. 1770 m. spalio 24 d. aktu Pranciškus Komarovskis Kvetkų atgailos reguliniams kanauninkams dovanojo valstiečių neturėjusį, apie 2 valakų (valakas – 21,38 ha) dydžio Kaluinių palivarką. Be to, bažnyčiai ir vienuolynui Kvetkuose paskyrė maždaug 2 margų (margas – 0,71 ha) ploto sklypą. Dar įsipareigota nuo 6 000 lenkiškų zlotų mokėti procentus; tai garantuota Roviškių ir Gikonių dvarų. Buvo ir daugiau geradarių, aukojusių pinigų Kvetkų vienuolynui. Tais pačiais 1770 m. įsteigta Kvetkų parapija, o jos ribos patikslintos 1772 m. 1775 m. žiniose apie Kvetkų bažnyčią rašoma, kad Šv. Jono Krikštytojo bažnyčia buvo medinių rąstų, pastatyta 1772 m. Viduje – 3 altoriai. Parapinės mokyklos nebuvo. Mokyklai nebuvo skirtas nei sklypas, nei medžiagos jai pastatyti. Parapijai priklausė 20 kaimų ir 7 užusieniai. Tada, be katalikų, parapijoje gyveno 15 protestantų ir 45 judėjų tikybos asmenys. Komarovskių Roviškių dvare buvo koplyčia. Bažnyčia konsekruota 1777 m.