LTVykdant Lietuvos Respublikos Vyriausybės 2008 m. rugsėjo 10 d. nutarimo nr. 940 "Dėl Žemaičių krikšto ir Žemaičių vyskupystės įsteigimo 600 metų jubiliejaus minėjimo" 2009– 2017 m. programą, buvo paruoštas Varnių (Telšių r.) Šv. Apaštalų Petro ir Pauliaus bažnyčios (UK 26966) Žemaičių vyskupų kriptos tvarkybos darbų projektas. Prieš tvarkybos darbus buvo atlikti geofizikiniai bei inžineriniai geologiniai tyrimai, kurių metų buvo nustatytos spėjamos galimų palaidojimų vietos ir grunto sudėtis. VšĮ "Lietuvos paminklai" užsakymu buvo atlikti archeologiniai tyrimai. Tyrimų metu rasti XVII–XVIII a. radiniai-žiestų puodų ir koklių šukės į kriptą galėjo patekti atsitiktinai su gruntu. Geofizikinių tyrimų metu fiksuotos anomalijos nėra kapai, kaip manyta iki tyrimų. Anomalija 1-tai duobė 1, anomalija 2-duobė 4, anomalija 3-antrinė XX a. II pusės palaikų užkasimo vieta (kapas 6). Kriptoje greičiausiai laidota nuo XVII a. pabaigos-XVIII a. pradžios. Tikėtina, kad kriptoje perlaidoti kapai pernešti iš senosios katedros (buvusio kunigų seminarijos, dabartinė Žemaičių vyskupystės muziejaus aplinka). Tai tarsi galėtų patvirtinti duobėse 5 ir 6 aptikti degintiniai kaulai. Degintinių kaulų buvo aptikta ir 1987 m. Varnių kapinyno tyrimų metu-jie galimai sieti su XV–XVI a. senosios katedros gaisrais. Kriptoje laidota dviem eilėmis, greičiausiai po 3 kapus kiekvienoje, mažiausiai du kartus. Tikėtina, kad laidojant vėlesnius kapus galėjo būti suardomi ankstesnieji-tai rodo duobė 7, buvusi po kapu 7. Kripta kasinėta mažiausiai 2 kartus: XIX a. pabaigoje ir XX a. pradžioje. XIX a. kriptoje buvusius neužkastus karstus su, tikėtina, vyskupų palaikais vietiniai gyventojai arba rusų kariai užkasė-taip galėjo būti suardyti ir anksčiau užkasti kapai. [...] [p. 325, 333].
ENIn implementing the 2009–2017 programme of Resolution no. 940 of 10 September 2008 of the Government of the Republic of Lithuania, "On the celebration of the 600 anniversary of the baptism of Samogitia and the founding of the Diocese of Samogitia", a geophysical survey (2011) and an excavation were conducted prior to the work in 2012 of putting the Varniai (Telšiai district, W Lithuania) church of St Peter and St Paul (UK 26966) and the crypt of the bishops of Samogitia in order. The cathedral was erected at this site during 1680–1691. A 10.63 x 5.97 masonry basement was apparently created under the high altar at that time. In the 18th century, the remains of the bishops were transferred to it from the site of the old cathedral. It is thought that nine 17th-19th century bishops were interred in the basement (the glass coffins of the last two interred bishops stand on a platform). Father Antanas Juozapavičius (1872–1940), who was a priest there during 1909–1940, conducted amateur excavation work in the early 20th century in search of the grave of Bishop Merkelis Giedraitis (bishop during 1576–1609) in the crypt. The material from this investigation was published in 1910 (Draugija, Kaunas, t. XI, nr. 42–43, p. 188–204). The 2011 georadar survey allowed three more distinct anomalies to be distinguished.The entire basement area was excavated and seven pits with disarticulated human skeletons and 6 intact surviving graves were discovered during the investigation. The clothing, coffins, and religion- related artefacts of the individuals were found among the bones of the reburied individuals and in the better preserved burials. No identification of the graves of the bishops could be made due to the large number of destroyed graves and the discovered female burials.